健康小屋在部隊應用模式設想一定程度上，部隊相當于一個封閉的社區，基層部隊衛生機構相當于營區里的社區衛生服務站點，可以依照社區衛生建設的思路，通過建章立制形成普遍使用的建設模式，用來加強基層部隊的全科醫師培養，推動部隊健康教育、預防保健等工作落實，改變當前基層部隊衛生建設相對落后的局面。
在部隊營區仿照社區設立健康小屋，結合部隊訓練和日常任務特點，配備相關設施。官兵可以隨時使用醫保卡或就診卡利用健康小屋中的各種醫療設備進行健康監測，及時了解自己的身體狀況，對健康進行全面評估。用戶可以在健康小屋打印檢測報告、評估報告，檢查結果可以作為醫院就醫的憑據和參考。系統會將個人健康信息和自主體檢結果通過網絡平臺上傳至健康保健網絡管理中心自動建立健康檔案，然后由醫學專家對健康檔案進行分析，及時發現相關疾病高危人群及需要控制的危險因素，及時給予相應的政策指導和措施干預。
健康小屋為官兵提供便捷有效的醫療服務通過健康小屋中各種類型的健康采集器，官兵可隨時進行健康監測，數據實時傳輸給醫院網絡保健中心，由專業醫師給予指導，提高官兵的健康意識，主動觀察身體各項生理指標的變化，認識到健康生活行為和科學訓練計劃對健康的意義，指導其改變不良的生活習慣，提高自我健康管理能力，從而提高部隊的整體戰斗力。在部隊的健康小屋中可常設衛生人員，一方面能夠對官兵在使用健康小屋設施進行指導，另一方面可以使健康小屋承擔醫療任務，對基層官兵在線進行醫療衛生服務。
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